Mit folgenden Befehlen kann man nextcloud von einer SSH-Verbindung außerhalb von Docker ansprechen und Befehle absetzen:

docker exec --user www-data nextcloud1 php occ db:add-missing-indices

Erzeugt die indizies der Tabellen neu.
Wobei „nextcloud1“ der Name des Nextcloud-Containers ist.

Folgendes geht äquivalent:

AlleDaten neu einlesen:
docker exec --user www-data nextcloud1 php occ files:scan --all -v

Werte konvertieren in der DB
docker exec --user www-data nextcloud1 php occ db:convert-filecache-bigint

Maintenancemode
docker exec --user www-data nextcloud1 php occ maintenance:mode --on

Meistens läuft die DB auf in einem extra Container, hier kann man aber direkt drauf zugreifen und ein BackUp erstellen:
mysqldump --single-transaction -h 127.0.0.99 -u nextcloud -p nextcloud | bzip2 -zf > /volume1/datentausch/mysql-nextcloud-data.sql.bz2